तीसरी फिल्म, मेन इन ब्लैक, प्रसिद्ध अमेरिकी कॉमेडी की निरंतरता है। कास्ट वही टॉमी ली जोन्स और विल स्मिथ हैं। निर्देशक का काम फिर से स्टीवन स्पीलबर्ग के कार्यकारी निर्माता बैरी सोननफेल्ड ने संभाला। सिनेमाघरों में, फिल्म 23 मई 2012 को शुरू हुई।
इस बार नकारात्मक नायक की भूमिका जैमेन क्लेमेंट द्वारा ली गई है, वह बोरिस की भूमिका निभाता है। यह एक गुंडागर्दी है जो लूनर जेल से भाग गया। वह एजेंट के के लिए नफरत से जलता है, जिसने जुलाई 1969 में अपराधी को पकड़ लिया और उसे बिना हाथ के छोड़ दिया। जब काय को अचानक पता चलता है कि बोरिस भाग रहा था, तो वह बहुत अफसोस व्यक्त करता है कि गिरफ्तारी के दौरान उसने उसे नहीं मारा। उसके बाद, एजेंट बस गायब हो जाता है, और केवल जेन को याद है कि वह मौजूद था। काले रंग के बाकी कर्मचारी सोचते हैं कि काई की मृत्यु 1969 में किसी अपराधी से हुई थी।
वास्तविकता की इस क्रांति के लिए एकमात्र स्पष्टीकरण अतीत में एक बदलाव है। जे और एजेंट ओ तय करते हैं कि यह बोरिस था जो शामिल था। इसकी पुष्टि एक ब्रह्मांडीय पैमाने की एक और घटना है - पृथ्वी पर बोरिस की नस्ल का आक्रमण। पिछली वास्तविकता में, यह असंभव था, क्योंकि Kay ने "आर्कनेट" नामक ग्रह पर एक सुरक्षात्मक उपकरण स्थापित किया था। अब, कुछ दशक पहले एजेंट की मृत्यु के संबंध में, पृथ्वी के पास अंतरिक्ष दुश्मनों से कोई स्क्रीनिंग नहीं थी।
जे को पता चलता है कि बोरिस को एक इलेक्ट्रॉनिक्स डीलर जेफरी प्राइस द्वारा अतीत में भेजा गया था, जिनके शस्त्रागार में एक अवैध समय शिफ्टर था। एजेंट के पास अपने साथी को बचाने के लिए समय पर वापस जाने के अलावा कोई विकल्प नहीं है। और उसे युवा के द्वारा तुरंत गिरफ्तार कर लिया जाता है। पूछताछ के दौरान, जय उसे सब कुछ बताता है, और भविष्य का साथी विश्वास करता है। साथ में उन्हें आर्कानियन ग्रिफिन मिलता है, जिसके पास आर्कनेट है। अब उन तीनों ने अपनी यात्रा जारी रखी और चंद्रमा पर सुरक्षा स्थापित करने के लिए रवाना हो गए। लेकिन एक रॉकेट पर उन्हें कर्नल द्वारा गिरफ्तार किया जाता है। अब वह जय के रहस्य का रक्षक बन गया।
इस क्षण से, घटनाओं का तेजी से विकास होता है। नायक दो बोरिस से मिलते हैं और एक लड़ाई होती है। भविष्य का एक अपराधी रॉकेट खदान में फेंक दिया जाता है, और युवा बोरिस भी उसके पीछे जाता है। पृथ्वी की सुरक्षा स्थापित और अब, ऐसा लगता है कि जे का मिशन पूरा हो गया था, लेकिन एक चमत्कारी जीवित युवा अपराधी दिखाई देता है। कर्नल की मृत्यु हो जाती है, लेकिन बोरिस नष्ट हो जाते हैं। और फिल्म में एक नया किरदार दिखाई देता है। एक लड़का कर्नल की कार से बाहर निकलता है और अपने पिता की तलाश करने लगता है। एजेंट खुद को पहचानता है। जे नियत समय में लौटता है और कै से कैफे में मिलता है। सब कुछ वापस आ गया है।