आज, भूमि की सतह के पानी का एक महत्वपूर्ण हिस्सा दूषित है, और स्वच्छ, पीने योग्य पानी ढूंढना अधिक कठिन है। जलीय पर्यावरण की स्थिति में सबसे गंभीर क्षति मानव गतिविधियों के कारण होती है।
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पदार्थ जो जल निकायों को प्रदूषित करते हैं वे मानवजनित और प्राकृतिक स्रोतों दोनों से जलीय वातावरण में प्रवेश करते हैं। उत्तरार्द्ध में रॉक विनाश, ज्वालामुखी गतिविधि और जलीय जीवों के अपशिष्ट उत्पाद शामिल हैं। मानवजनित स्रोत जनसंख्या वृद्धि, कृषि और औद्योगिक उत्पादन का विकास है। घरेलू, औद्योगिक और कृषि अपशिष्ट जल को आसपास के जल निकायों में छुट्टी दे दी जाती है।
मानवजनित प्रदूषण को प्राथमिक और माध्यमिक में विभाजित किया गया है। प्राथमिक रूप से, जलीय पर्यावरण की गुणवत्ता जल निकायों में प्रदूषण उत्सर्जन के प्रवाह के कारण सीधे खराब हो जाती है। माध्यमिक मृत जलीय जानवरों के अपघटन उत्पादों की अत्यधिक एकाग्रता के कारण होता है, जो पारिस्थितिक संतुलन में गड़बड़ी के परिणामस्वरूप होता है।
प्रदूषण के मुख्य स्रोतों में जल निकासी पानी, घरेलू और औद्योगिक अपशिष्ट जल, तूफान सीवेज, पशुधन खेतों के क्षेत्र से अपशिष्ट जल, खेतों और बस्तियों, नदियों पर वन परिवहन, जल परिवहन शामिल हैं।
मानव स्वास्थ्य के लिए, उच्च विषाक्तता वाले कार्बनिक पदार्थों के साथ जल प्रदूषण - कीटनाशकों का विशेष खतरा है। एक आदमी अपने जीवन की प्रक्रिया में उनका उपयोग करता है। जब बड़े जंगल और कृषि योग्य भूमि को कीटनाशकों के साथ उड्डयन की मदद से उपचारित किया जाता है, तो इन विषाक्त पदार्थों का 70% भाग सैकड़ों किलोमीटर दूर की हवाओं, प्रदूषित नालियों और जल निकायों द्वारा फैलाया जाता है। वर्षा के बाद, कीटनाशक मिट्टी, भूजल, और फिर झीलों और नदियों में प्रवेश करते हैं।
उपयोग किए जाने वाले सबसे खतरनाक कीटनाशक लगातार ऑर्गेनोक्लोरिन यौगिक हैं जो विभिन्न जीवों के ऊतकों में जमा होते हैं। शामिल होने के नाते, उदाहरण के लिए, हाइड्रोबियनों की खाद्य श्रृंखला में, इन यौगिकों को एक ट्रॉफिक स्तर से दूसरे में स्थानांतरित किया जाएगा। उदाहरण के लिए, यदि एक मछुआरा पकड़ा और मछली खाए जो कि प्लवकटोनिक क्रस्टेशियन पर फ़ीड करता है जो कीटनाशक-प्रदूषित तालाब में रहते हैं, तो जहर उसके शरीर में बस जाएगा। इसे शरीर से निकालना लगभग असंभव है, और जहर की बड़ी मात्रा में कैंसर हो सकता है। सिंथेटिक डिटर्जेंट, डिटर्जेंट, उच्च जैव रासायनिक प्रतिरोध भी है। एक बार जहरीले अपशिष्टों के साथ जल निकायों में, वे जलीय जीवों में भी जमा होते हैं और फिर मानव शरीर में प्रवेश करते हैं।
बिजली संयंत्रों, कुछ उद्योगों और परमाणु जहाजों के कचरे के साथ जल निकायों में प्रवेश करने वाले रेडियोन्यूक्लाइड बहुत खतरे में हैं। खनिजों में से सीसा, आर्सेनिक, जस्ता, पारा और तांबा के यौगिक सबसे अधिक विषैले होते हैं। वे वायुमंडल से वर्षा के माध्यम से पानी में प्रवेश करते हैं, जहां वे फिर से मानव गतिविधि (औद्योगिक उद्यमों से उत्सर्जन) के परिणामस्वरूप जमा होते हैं। इसके अलावा भारी धातुएं खान अपवाह में समृद्ध हैं। तेल और उसके डेरिवेटिव को रीसायकल करना मुश्किल है। और केवल कुछ जलीय जीव तेल निलंबन को संसाधित और नष्ट कर सकते हैं।